Цель обзора: рассмотреть перспективы использования неинвазивного пренатального тестирования (НИПТ) в репродуктивной медицине.
Основные положения. В настоящей статье освещены основные принципы, параметры и лимитирующие факторы неинвазивного пренатального скрининга, даны комментарии относительно медико-генетического консультирования пациенток, а также обсуждается возможность более широкого применения тестирования по внеклеточной ДНК.
Заключение. Сегодня НИПТ используется в клинической практике как высокоточное безопасное исследование для определения основных аутосомных нарушений, ассоциированных с рождением больного ребенка. НИПТ является динамично развивающимся скринингом, который может оказаться полезным как для плода, так и для матери.
Ключевые слова: внеклеточная ДНК, медико-генетическое консультирование, неинвазивный пренатальный тест
Двойнова Н.М., Вашукова Е.С., Тарасенко О.А., Насыхова Ю.А., Иващенко Т.Э., Баранов В.С., Глотов А.С. Перспективы использования неинвазивного пренатального тестирования в репродуктивной медицине // Женское здоровье и репродукция: сетевое издание. 2021, № 2 (49). URL: https://whfordoctors.su/statyi/perspektivy-ispolzovanija-neinvazivnogo-prenatalnogo-testirovanija-v-reproduktivnoj-medicine/(дата обращения: дд.мм.гггг)
Двойнова Наталья Михайловна (автор для переписки) — врач-генетик медико-генетического центра ФГБНУ «НИИ АГиР им. Д.О. Отта». 199034, Россия, Санкт-Петербург, Менделеевская линия, д. 3. E-mail: 1.cosulya@gmail.com
Вашукова Елена Сергеевна — к. б. н., научный сотрудник лаборатории геномики с группой биоресурсных коллекций отдела геномной медицины ФГБНУ «НИИ АГиР им. Д.О. Отта». 199034, Россия, Санкт-Петербург, Менделеевская линия, д. 3. E-mail: vi_lena@list.ru
Тарасенко Ольга Александровна — к. б. н., научный сотрудник лаборатории геномики с группой биоресурсных коллекций отдела геномной медицины ФГБНУ «НИИ АГиР им. Д.О. Отта». 199034, Россия, Санкт-Петербург, Менделеевская линия, д. 3. E-mail: olgatar777@mail.ru
Насыхова Юлия Алмазовна — к. б. н., заведующая лабораторией геномики с группой биоресурсных коллекций отдела геномной медицины ФГБНУ «НИИ АГиР им. Д.О. Отта». 199034, Россия, Санкт-Петербург, Менделеевская линия, д. 3. E-mail: yulnasa@gmail.com
Иващенко Татьяна Эдуардовна — д. б. н., профессор, ведущий научный сотрудник отдела геномной медицины ФГБНУ «НИИ АГиР им. Д.О. Отта». 199034, Россия, Санкт-Петербург, Менделеевская линия, д. 3. E-mail: tivashchenko2011@mail.ru
Баранов Владислав Сергеевич — член-корреспондент РАН, д. м. н., профессор, главный научный сотрудник отдела геномной медицины ФГБНУ «НИИ АГиР им. Д.О. Отта». 199034, Россия, Санкт-Петербург, Менделеевская линия, д. 3. E-mail: baranov@vb2475.spb.edu
Глотов Андрей Сергеевич — д. б. н., руководитель отдела геномной медицины «НИИ АГиР им. Д.О. Отта». 199034, Россия, Санкт-Петербург, Менделеевская линия, д. 3. E-mail: anglotov@mail.ru
Perspectives for applying non-invasive prenatal testing in reproductive medicine
Natalya M. Dvoynova, Elena S. Vashukova, Olga A. Tarasenko, Yulia A. Nasykhova, Tatyana E. Ivashchenko, Vladislav S. Baranov, Andrey S. Glotov
O. Ott Research Institute of Obstetrics, Gynecology and Reproductology; Saint Petersburg, Russia
Objective. To review the perspectives for applying non-invasive prenatal testing (NIPT) in reproductive medicine.
Basic provisions. In this article, we demonstrate the basic principles, parameters, and limitations of non-invasive prenatal screening, discuss the issues about pregnant women’s medical genetic counseling, as well as the possible development of cell-free DNA testing implementation.
Conclusions. Today NIPT is applying in clinical practice as a high-precision safe method to determine the main autosomal disorders associated with the birth of a disabled child. NIPT is a dynamically improving approach that can be useful for both the fetus and the mother.
Keywords: non-invasive prenatal testing, cell-free DNA, medical genetic counseling
Двойнова Н.М., Вашукова Е.С., Тарасенко О.А., Насыхова Ю.А., Иващенко Т.Э., Баранов В.С., Глотов А.С.
ФГБНУ «Научно-исследовательский институт акушерства, гинекологии и репродуктологии им. Д.О. Отта», Россия, г. Санкт-Петербург
Одной из приоритетных задач в области пренатальной медицины является профилактика рождения детей с хромосомными нарушениями. Для этого разрабатываются и внедряются различные передовые генетические технологии. Одно из наиболее успешных на сегодняшний день решений, продолжающих открывать новые научные и практические горизонты, — неинвазивный пренатальный тест (НИПТ).
Внеклеточная ДНК
НИПТ, также называемый неинвазивным пренатальным скринингом, основан на анализе фрагментов внеклеточной ДНК (вкДНК). Во время беременности в кровотоке матери находятся вкДНК различного генеза, принадлежащие как самой женщине, так и плоду. Фрагменты материнской ДНК имеют апоптотическое происхождение, то есть высвобождаются при запрограммированной гибели клеток организма беременной, например адипоцитов и лейкоцитов. Фетальная вкДНК — это генетический материал плода, происходящий преимущественно из трофобласта плаценты.
Материал представляет из себя фрагменты ДНК длиной не более 200 пар нуклеотидов (чаще 150 ± 10 пар нуклеотидов) и появляется в крови женщины, начиная с 4–5-й недели беременности. К 9–10-й неделе достигается достаточный уровень вкДНК плода для проведения НИПТ [1–4].
История вопроса
Точкой отсчета создания НИПТ принято считать 1997 год, когда Деннис Ло и его коллеги опубликовали статью об успешном обнаружении фетальной вкДНК в крови матери. За основу исследования был взят метод ПЦР, обнаруживающей фрагменты ДНК с хромосомой Y среди всей вкДНК из крови беременных [5–7].
История НИПТ как клинического теста началась с 2011 года — с первых масштабных валидированных исследований в Китае и США. В 2012 году появились коммерческие предложения с возможностью определять изменения по половым хромосомам, моногенные заболевания и аномалии при многоплодных беременностях.
НИПТ оказался очень востребованным исследованием, и перед государственным здравоохранением встал вопрос о включении его в программы страхования. Так, с 2013 года в ряде стран государство стало предлагать полное или частичное возмещение средств пациентке при выполнении НИПТ, однако сегодня не везде исследование реализовывается на государственном уровне. В том же году на рынке стали появляться тесты для детекции микроперестроек.
В дальнейшем протоколы исследований совершенствовались, а также формировались клинические рекомендации. Первое руководство было выпущено в 2015 году Международным обществом по пренатальной диагностике. На сегодняшний день многие частные и государственные структуры издали свои руководства, которые регулярно пересматриваются и дополняются [6, 8].
Признание клиническими специалистами и пациентками
Неуклонно растущая популярность НИПТ обусловлена его высокими достоверностью и безопасностью. Чувствительность и специфичность НИПТ для определения хромосомных патологий по хромосомам 13, 18 и 21 составляет порядка 98–99%, а по хромосомам X и Y — в среднем 90–95%, что демонстрирует большую диагностическую значимость и эффективность НИПТ для определения группы риска анеуплоидии. Это особенно важно для пациенток с промежуточным риском по результатам комбинированного скрининга первого триместра (КС), поскольку позволяет уточнить необходимость инвазивного вмешательства.
Говоря об инвазивных процедурах с целью диагностики хромосомных нарушений у плода, важно отметить, что по мере развития техники проведения операций риск прерывания беременности или начала преждевременных родов значительно снизился и в настоящий момент составляет не более 0,3%. Тем не менее большинство пациенток опасаются потенциальных осложнений при проведении инвазивной пренатальной диагностики (ИПД). Поэтому НИПТ может быть использован при страхе или противопоказаниях к проведению хирургических вмешательств [1–3, 9–11].
Основные показания и преимущества
Выбор в пользу НИПТ обусловлен ранним сроком его проведения (на 1–2 недели раньше КС), а также возможностью выполнить его полностью в России, что гарантирует скорость и качество самого тестирования и анализа его результатов [12].
В качестве показаний к исследованию традиционно выделяют промежуточный риск по результатам КС и отказ от ИПД или наличие противопоказаний к ней (например, угроза потери беременности). На более поздних сроках НИПТ может помочь в ситуациях, когда женщине не смогли выполнить КС или определили риск только по изолированным биохимическим/ультразвуковым параметрам.
Изначальное введение НИПТ в практику подразумевало, что исследование необходимо назначать только пациенткам из группы риска хромосомных нарушений у плода. По мере развития технологий и ежегодных обновлений международных рекомендаций многие исполнители НИПТ пришли к выводу, что показанием к назначению этого исследования можно считать только желание родителей. К сожалению, тот факт, что тесты продвигаются преимущественно на коммерческой основе, часто заставляет задуматься о назначении НИПТ из финансовых соображений. В связи с этим в медицинских руководствах считают наиболее приемлемым сообщать о тесте всем беременным, не входящим в группу риска, подчеркнуто ненавязчиво, в справочном формате [1, 3, 11, 13].
Технологии тестов и фетальная фракция
Доступные на сегодняшний день тесты подразумевают использование разных методов и алгоритмов анализа данных. В основе может лежать метод массового параллельного секвенирования определенных хромосомных участков или всей геномной последовательности амплифицированной фетальной вкДНК, а также мультиплексной ПЦР для анализа однонуклеотидных полиморфизмов (SNP). Некоторые тесты базируются на других подходах количественной оценки, таких как хромосомный микроматричный анализ или флуоресцентная технология «катящегося кольца». Независимо от выбранной технологии большинство НИПТ зависит от измерения уровня фетальной фракции как показателя достоверности.
Фетальная фракция это процент вкДНК плодовых клеток от всей вкДНК в организме матери. Чтобы его установить, часто используют ПЦР, биоинформатическую статистику и анализ метилирования. При низком уровне фетальной фракции (обычно ниже 4%) возможно получение ложноположительных или ложноотрицательных результатов, но некоторые алгоритмы обработки позволяют получить достоверные результаты даже при значениях ниже 2%. Однако их использование не рекомендуется.
Примечательно, что при выявлении небольшого уровня фетальной фракции рекомендуют не повторять НИПТ и сразу направить женщину на ИПД, поскольку истинной причиной могут быть некоторые хромосомные патологии. Тем не менее существуют тесты, которые не подразумевают определение фетальной фракции [9, 13–18].
Варианты тестов с клинической точки зрения
Говоря о классификации НИПТ, в первую очередь выделяют полногеномный и таргетный виды теста. Полногеномная версия определяет анеуплоидии по всем 22 аутосомам и половым хромосомам, таргетная же выявляет анеуплоидии по наиболее клинически значимым 3–5 хромосомам. Технологии выполнения некоторых тестов позволяют также определять мажорные генетические варианты при моногенных болезнях, микрохромосомные перестройки (как правило, длиной более 3 мегабаз) и триплоидию.
Следует отметить, что признанные авторитетные организации, такие как Американская коллегия акушеров и гинекологов и Американская коллегия медицинской генетики и геномики, в своих рекомендациях считают целесообразным для клинической практики проведение НИПТ только на аномалии аутосом 13, 18 и 21. В отношении клинической достоверности и полезности тестов, определяющих анеуплоидию по половым хромосомам, микроделеции и моногенные заболевания, до сих пор нет единого мнения.
Некоторые исследования показывают высокий уровень детекции перестроек и заболеваний и низкий уровень ложноположительных результатов, другие демонстрируют противоположные результаты. Кроме того, не все из указанных патологий распространены и имеют такие же критерии для групп риска, как трисомия 21, часто эксперименты выполняются с ограничениями — малым количеством выборки, высоким риском систематической ошибки в отношении последовательных случаев и так далее. Поэтому в настоящее время эти виды НИПТ считаются исследовательскими [11, 14, 18].
Ограничения и противопоказания
Любое лабораторное исследование имеет ограничения и противопоказания, НИПТ не является исключением. Спектр противопоказаний довольно обширен и включает как абсолютные, так и относительные. К абсолютным относятся состояния, при которых полученные результаты могут быть искажены за счет дополнительного или измененного генетического материала, например опухолевых клеток матери, трансплантированных тканей или недавно замершей беременности, включая синдром «исчезнувшего близнеца».
Относительные противопоказания допускают проведение теста, но не гарантируют возможность его реализации, если не будут учтены определенные особенности преаналитического этапа. Иллюстрацией может служить взятие биообразца для НИПТ у пациенток, находящихся на терапии препаратами низкомолекулярных гепаринов: для успешного осуществления исследования необходима краткосрочная отмена препаратов или взятие крови перед очередным введением гепарина.
Другие аспекты, которые могут повлиять на достоверность теста, — чрезмерно большая масса тела беременной и ранний срок гестации (менее 10 недель). Это обусловлено сниженной величиной фетальной фракции. В первом случае можно ошибочно проанализировать только ДНК беременной из-за увеличенных в материнском организме объема кровотока и количества подвергающихся апоптозу адипоцитов, а во втором — из-за циркуляции вкДНК плода пока еще в недостаточном для детекции количестве.
В большинстве научных сообществ не ссылаются на конкретные значения массы тела, влияющие на точность НИПТ, лишь представители Дании и Канады указывают массу 90 и 110 кг соответственно. Большинство врачебных генетических ассоциаций не делает различий в тактике ведения пациенток с ожирением и без него, хотя некоторые считают, что НИПТ не является тестом выбора у беременных с избыточной массой тела [1, 3, 10, 19].
Лимитирующими особенностями в отношении технической части НИПТ оказываются такие состояния, как мозаицизм, сбалансированные структурные перестройки и родительские хромосомные аномалии (в том числе микроперестройки). НИПТ является количественным тестом, поэтому обнаружить реципрокные нарушения не представляется возможным из-за отсутствия дисбаланса в генетическом материале. Наличие материнского или ограниченного плацентой мозаицизма и хромосомных нарушений у беременной может дать ложноположительные результаты, поэтому в такой ситуации требуется проверка полученного заключения НИПТ, для чего необходимо проведение амниоцентеза или кордоцентеза.
Не стоит забывать и о редких ложноотрицательных результатах вследствие низкоуровневого плацентарного и истинного фетального мозаицизма, что лишний раз диктует обязательность всех ультразвуковых скринингов во время беременности.
В зависимости от выбранной технологии ограничениями для теста также могут быть донорство, суррогатное материнство и многоплодная беременность, преимущественно это касается тестов на основе анализа SNP [3, 18, 20].
Аспекты, заслуживающие особого внимания
Суммируя обозначенные выше потенциал и особенности НИПТ, следует подчеркнуть некоторые положения. Первый и, вероятно, самый важный пункт: перед назначением теста и после получения результатов обязательно медико-генетическое консультирование. Необходим вдумчивый диалог с пациенткой, разъяснение всех возможностей, ограничений и последствий теста, исчерпывающие ответы на вопросы. Это позволит сформировать непредвзятое мнение о самом исследовании и будет способствовать действительно добровольному решению женщины пройти его.
Существуют обстоятельства, при которых оптимальным выбором будет ИПД без предшествующего НИПТ, например экстремально высокий риск по результатам КС или наличие явных ультразвуковых маркеров хромосомных аномалий (шейной гигромы, множественных пороков развития и др.). На консультации у врача-генетика пациентка сможет взвесить все аргументы и сделать оптимальный выбор. Консультирование после теста поможет женщине корректно интерпретировать результаты и понять дальнейшую тактику ведения ее беременности (рис.).
Рис. Алгоритм неинвазивного пренатального теста (блок-схему можно использовать на медико-генетической консультации после проведения теста).
Примечание: ИПД — инвазивная пренатальная диагностика, КС — комбинированный скрининг первого триместра, НИПТ — неинвазивный пренатальный тест, УЗИ — ультразвуковое исследование
Хотелось бы еще раз подчеркнуть, что НИПТ — это скрининг, то есть метод, рассчитывающий риск наличия заболевания, а не абсолютно точная диагностика. Поэтому важно помнить о нечастых, но имеющих место ложных результатах и необходимости подтверждать их с помощью определения кариотипа плода после ИПД. Важно отметить, что производится взятие альтернативного биоматериала — амниоцитов или пуповинной крови плода, — поскольку фетальная вкДНК является плацентарной. НИПТ не заменяет и не исключает другие методы пренатальной медицины, такие как КС в первом триместре и экспертные ультразвуковые осмотры во втором и третьем триместре.
Имеет большое значение и этическая сторона теста. До конца 12-й недели гестации женщина имеет право прервать беременность по собственному желанию. Некоторые пары прибегают к НИПТ как к способу выяснить пол будущего ребенка и «выбрать» его, продолжив или прекратив беременность. Согласно Конвенции о правах человека и биомедицине, принятой в г. Овьедо (Испания) 4 апреля 1997 года, прогностическое генетическое тестирование возможно исключительно в медицинских целях, а дискриминация по любому генетическому признаку (в том числе полу) недопустима. Поэтому в настоящее время НИПТ на патологии половых хромосом считается выполняемым не по медицинским показаниям, за исключением случаев связанных с полом аномалий и заболеваний, и некоторые исполнители тестов рекомендуют сообщать пол плода в таких ситуациях уже после 12-й недели гестации [3, 13, 21–23].
Неинвазивное пренатальное тесттрование в ФГБНУ «НИИ акушерства, гинекологии и репродуктологии им. Д.О. Отта»
В конце 2018 года в НИИ акушерства, гинекологии и репродуктологии имени Д.О. Отта при поддержке компании ООО «НИПТ» был разработан собственный полногеномный скрининг аномалий по всем хромосомам, осуществляемый методом высокопроизводительного секвенирования на платформе Ion Torrent S5 (Thermo Fisher Scientific Inc., США). Для обработки результатов был создан и запатентован уникальный биоинформатический алгоритм.
На сегодняшний день образцы крови беременных поступают более чем из 30 регионов России. Проведено исследование более 2000 проб. На каждом этапе — от доставки образца до выдачи заключения — осуществляется контроль качества, постоянно совершенствуется методика и ведутся разработки новых опций исследования в соответствии с текущими мировыми тенденциями [12, собственные данные].
Перспективы развития
Продолжается изучение возможной пользы скрининга в отношении здоровья беременной. Технология Next Generation Sequencing позволяет извлекать дополнительные данные о материнском геноме благодаря расширенным биоинформатическим протоколам. Первоначальным свидетельством существования вкДНК было обнаружение последовательностей, имеющих соматические опухолевые мутации. Это направление получило свое развитие в профильных научно-исследовательских центрах, однако похожие параметры для экспериментов натолкнули ученых на мысль, что поиск фетальной фракции и опухолевой вкДНК беременной можно совместить. Существенной ремаркой является то, что «случайная находка», принадлежащая матери, сегодня рождает этические споры: сообщать или нет. Поэтому актуальной остается разработка медицинских документов, таких как информированное добровольное согласие.
Имеются публикации, указывающие на обнаружение опасной для плода цитомегаловирусной инфекции у матери за счет вкДНК из апоптировавших моноцитов, а также вируса гепатита В и других клинически важных ДНК-вирусов. Кроме того, информация о состоянии здоровья матери может быть получена из митохондриальной вкДНК, последовательность которой также считывается при выполнении полногеномного НИПТ.
Здесь уделяют внимание прогнозу для женщины, будь то потенциальное митохондриальное заболевание или некоторые осложнения беременности (преэклампсия, преждевременные роды и др.). Авторы статей также ссылаются на значимость подобных исследований в отношении популяционной генетики и определения этнической принадлежности.
Заключение
Сегодня неинвазивный пренатальный тест (НИПТ) используется в клинической практике как высокоточное безопасное исследование для определения основных аутосомных нарушений, ассоциированных с рождением больного ребенка с низкими продолжительностью и качеством жизни и возможности предупреждения подобных случаев. Обозначена необходимость проведения масштабных исследований для валидации тестов, связанных с детекцией аномалий половых хромосом, микроделеций и генных изменений. НИПТ является динамично развивающимся скринингом, который может оказаться полезным как для плода, так и для матери [1, 9, 24–27].
Финансовая поддержка: исследование подготовлено в рамках проекта Министерства науки и высшего образования РФ № АААА-А20-120041390028-0.
Предыдущая статья
Пестрикова Т.Ю., Котельникова А.В. ФГБОУ ВО «Дальневосточный государственный медицин...
Следующая статья
Старцева Н.М.1, Свиридова М.И2., Учамприна В.А.2, Аникеев А.С.<...